Javier Mascherano débute sa carrière dans le club argentin de River Plate, avant de rejoindre le club brésilien du Sport Club Corinthians Paulista. Avec le club argentin il remporte le Tournoi de clôture en 2004, avec le club brésilien il est sacré Champion du Brésil en 2005.
Lors du mercato d'été 2006, il est prêté au club anglais de West Ham avec son compatriote Carlos Tévez, ce qui surprend tout le monde car on s'attend à le voir débarquer dans un club plus prestigieux. Une dérogation de la FIFA l'autorise exceptionnellement à changer de club pour la troisième fois en une saison (2006-2007) afin de rejoindre Liverpool en prêt.[1]
Chez les Reds, Mascherano découvre notamment la prestigieuse Ligue des Champions où son club arrive jusqu'en finale face au grand Milan AC. La saison suivante, au mois de février 2008, on apprend que le joueur s'engage pour 4 années en faveur du club des bords de la Mersey. La conclusion du transfert n'est pas chose facile, car les droits du joueur appartiennent à la société MSI (Media Sports Investment), et non pas à West Ham. Le montant payé par les Reds s'élève au final à 23.5 millions d'euros
Il débute en équipe d'Argentine le 16 juillet 2003 lors d'un match amical contre l'Uruguay, alors qu'il n'a encore jamais joué en équipe première avec River Plate.
Il participe à la Copa América en 2004 où l'Argentine termine finaliste de l'épreuve, juste derrière le Brésil. La même année il est retenu pour les Jeux olympiques d'Athènes, où son équipe se voit couronnée de succès en remportant la médaille d'or.
En 2005, il prend part à la Coupe des Confédérations qui se déroule en Allemagne. L'argentine arrive jusqu'en finale, en étant largement battu par le Brésil lors de l'ultime match (4-1).
L'année suivante il est de nouveau présent en Allemagne puisqu'il est retenu pour participer à la Coupe du Monde 2006 qui se déroule dans ce même pays. Il est titulaire lors de tous les matchs et atteint les quarts de finale avec son équipe.
En 2007, il participe de nouveau à la Copa América, où l'Argentine termine une nouvelle fois finaliste de l'épreuve. C'est lors de cette compétition qu'il inscrit ses deux premiers buts en sélection.
Au 29 février 2008 Javier Mascherano compte 36 sélections (2 buts) en équipe d'Argentine.
Le 10 novembre 2008, Diego Maradona, nouveau sélectionneur de l'Argentine, le choisi comme capitaine de l'équipe nationale